伝教大使最澄により延暦九年(790年)に開かれた古い歴史を持つお寺です。国の重要文化財に指定されている薬師如来坐像や、日光菩薩、月光菩薩をはじめ貴重な仏像、図絵など文化財も豊富で隆盛を誇った往時がしのばれます。背後の朝日山は 豊かな自然の森に包まれ、ふれあいの谷川、遊歩道、梅林園など整備も進めています。
             
■神藏寺の歴史

  • 延暦元年(782)
    交通の要衝の地であった亀岡盆地、その西部朝日山の東向山麓に最澄が開基道場を開いたことに始まるとされています。
  • 正暦年間(990〜994)
    仏堂伽藍塔頭が26院もあった大寺で源氏一門の崇拝が篤く隆盛を極めました。源 頼光(鬼退治で有名)帰依の寺と云われ、頼政も帰依の寺であった。
  • 治承4年(1180)
    源頼政の挙兵のさい、三井寺(園城寺)の挙兵に参加、敗戦により、平氏により所領没収されて堂宇は荒廃しました。
  • 嘉禎元年(1235)
    天台宗達玄僧都により僧舎を再建。女人禁制を解き、再び丹波随一の名刹に復元。応永年間(1390〜1420)には室町幕府の管領、細川頼元の補修を受けてより隆盛をほこりました。
  • 天正3年(1575)
    明智光秀の丹波平定ために兵焚に罹り一宇を残さず焼亡。ご本尊は信者達によって山中に隠され難を逃れました。
  • 承応2年(1653)
    浄土宗光明寺派の願西法師が本堂及び阿弥陀堂、鐘楼を再建。現在の本堂はその当時のものといわれます。
  • 延宝7年(1679)
    亀山城主松平伊賀守忠昭が臨済宗妙心寺派の高僧高隠玄厚を請じて中興、依頼継承されて今日に至っています。                                                                                                          
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